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Le SIEM est une structure de coopération intercommunale administrée par un comité de 39 délégués, désignés par les conseils municipaux des communes adhérentes du Bas-Chablais au prorata de leur nombre d’habitants (Allinges, Douvaine, Draillant, Excenevex, Messery, Perrignier, Sciez, Yvoire, Cervens, Chens-sur-Léman, Nernier, Massongy, Margencel, Orcier et Armoy).
Le comité a été renouvelé à près de 70%, lors des dernières élections municipales de mars 2008. Il se réunit en moyenne 4 fois par an et délibère sur les grands dossiers (budget, comptes administratifs, travaux, acquisitions et ventes de terrains…).
Le comité procède à l’élection du Président et du comité de direction composé de 4 vice-présidents, 9 délégués et des responsables des services administratifs et techniques. Ses membres se réunissent régulièrement pour les affaires courantes et composent également la commission d’appel d’offres.
Les communes sont ainsi directement associées au fonctionnement du SIEM et participent aux choix de fonctionnement et d’investissement pour proposer un service aux usagers de l’eau, au meilleur rapport performance-délais-coûts.